
Fu fatta edificare nel 1348 dall'arcivescovo Pietro II, che introdusse l'Ordine dei Frati Minori Conventuali.
Per la sua costruzione furono adoperate le rovine del convento di S. Francesco, sito in Siponto e distrutto dal terremoto del 1223. Nel 1620 l'intero complesso religioso venne incendiato e saccheggiato dai Turchi. Ripristinata nel 1676, la chiesa venne consacrata dall'arcivescovo Orsini (poi papa Benedetto XIII) e nel 1755 fu nuovamente ricostruita per opera dell'arcivescovo Francesco Rivera.
In epoca moderna č stato demolito il muro di recinzione che congiungeva la chiesa al convento. Le facciate sono state restaurate intorno al 1932 e altri interventi sono stati effettuati nel 1950.
Il rifacimento esterno della chiesa con i caratteri del romanico non richiamano lo stile gotico dell'interno, dove si conservano un bellissimo crocifisso ligneo del Seicento, una stupenda pittura del XVII sec. (la Nativitā), opera degli artisti Bernardo e Giulio Licinio, un'epigrafe dell'arcivescovo Orsini e delle interessanti lapidi. Si conserva, inoltre, una tela raffigurante il Servo di Dio Francesco Antonio Boccoli, morto nel 1767 e figlio del console sipontino in Ragusa (Dubrovnik). Le sue ossa, che riposano nel monumento eretto in suo onore, furono traslate due volte sotto gli arcivescovi Dentice e Gagliardi.