
Assegnare con certezza l'anno di edificazione della chiesa è molto arduo.
Infatti alcuni storici, rifacendosi ad un'antica leggenda che voleva Manfredi di Svevia scampato miracolosamente ad un naufragio ed approdato nel luogo ove poi sorse la chiesa di S. Domenico (nel medesimo posto fu eretta una cappella in onore della Maddalena in ringraziamento dello scampato pericolo), datano in quel periodo la sua fondazione.
Certo è che gli avanzi della cappella, che si osservano ai nostri giorni, denotano lo stile dell'epoca della dominazione sveva, specialmente per la volta a crociera e per gli arconi a sesto acuto.
Dopo la morte di Manfredi, i nuovi sovrani angioini fecero completare la costruzione della chiesa verso la fine del secolo XIII dal maestro Giordano di Monte Sant'Angelo.
Questi edificò la nuova chiesa in stile gotico a tre navate e con un ricco portale, abbellito da due leoni stilofori provenienti sicuramente dalla chiesa di S. Giovanni Battista della vicina Siponto. Nel 1294, in aderenza alla chiesa venne costruito il convento dei Frati Predicatori Domenicani e per tale ragione essa venne chiamata di S. Domenico.
Nel 1581 gli stessi Domenicani ridussero la forma dell'edificio sacro ad una navata centrale, mentre le due restanti navate laterali furono adibite a cappelle gentilizie, quella di sinistra, mentre quella di destra ad ingresso del convento.
A seguito del sacco turchesco dell'agosto 1620, la chiesa ed il convento subirono notevoli danni.
L'interno della chiesa è molto ricco di epigrafi e di armi gentilizie, ma i veri gioielli sono i dipinti della "Pietà" e l'albero di "lesse", che si trovano nella vecchia cappella della Maddalena, mentre lungo le pareti laterali della navata, su altari di marmo dallo stile barocco pugliese, su pale di tela, bi sono dipinti santi e madonne di autori ignoti.