
Situato a 550 metri sul livello del mare, sulle pendici del monte Nero (m 1014), è il terzo comune più alto del promontorio dopo San Giovanni Rotondo (m 566) e Monte Sant'Angelo (m 796).
Posto nella parte alta dell'incisione carsica del Vallone di Stignano, da cui domina il sottostante Tavoliere, San Marco in Lamis si trova al centro di una zona in cui abbondano i fenomeni legati al carsismo e sorge sulla via sacra longobardorum percorsa dai pellegrini che nel Medioevo si recavano al santuario di San Michele.
Il centro, che ha una struttura urbana a pettine, si sviluppò ai piedi dell'altura su cui sorge l'abbazia dedicata in origine a San Giovanni (VII secolo), che appartenne dapprima ai benedettini, poi ai cistercensi (1311) e da ultimo (1578) ai francescani.
Questi, venuti in possesso di una reliquia di San Matteo, intorno alla quale si sviluppò presto una grande devozione popolare, mutarono il nome dell'antica abbazia in quello di San Matteo, conservando la denominazione benedettina in lamis, per la presenza dei numerosi acquitrini (lame) lungo le rive del torrente Candelaro. All'interno del santuario è custodita un'interessante statua in legno d'olivo raffigurante San Matteo (sec. XIV) di gusto bizantineggiante. A ovest del paese, all'imbocco della conca, fu eretto nel secolo XVI un secondo convento, intitolato alla Madonna di Stignano.